Pero... ¿es yymmdd, yy-mm-dd, o una mezcla de los dos?
En el foro de Perl en Español tienes varios hilos al respecto:
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Restar dos fechas
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Cómo restar dos fechas en días
Una solución básica sería la de pasar esas fechas a número de segundos desde el epoch, con la ayuda de Time::Local, y luego hallar la diferencia entre esos dos números, para luego pasarlo a número de días. Vamos, lo que tienes indicado en la documentación de Perl, en tu ordenador, en el documento
perlfaq4, How can I compare two dates and find the difference?