Simplemente añade un AND en la consulta de estado_civil (además estaría bien identar el código):
Código PHP:
Ver originalif(($_GET["sexo"]!="")
{
$query .= " genero='".$_GET["sexo"]."' ";
}
if($_GET["estado_civil"]!="")
{
$query .= " AND estado_civil='".$_GET["estado_civil"]."' ";
}
También para buen legibilidad del código te recomiendo renombrar la variable $Query (que empieza con Q mayúscula) a otro nombre como $res (de resultado) algo así: