Como hago esto??

[shakaran]

Es sencillo, añade el segundo query dentro del bucle while tal y como comentas:

Código PHP:

$resultID = mysql_query("SELECT * FROM campos_dua", $linkID);
while($row=mysql_fetch_array($resultID))
{
   $resultID2 = mysql_query("SELECT * FROM agentes", $linkID2);
   while($row2=mysql_fetch_array($resultID2))
   {
        $xml_output .= "\t<DUA_CONTROL>\n";
        $xml_output .= "<GLN_EMISOR_MENSAJE><![CDATA[".$row['GLN_EMISOR_MENSAJE']."]]></GLN_EMISOR_MENSAJE>";
        $xml_output .= "<GLN_EMISOR_MENSAJE><![CDATA[".$row2['nombre']."]]></GLN_EMISOR_MENSAJE>";
        $xml_output .= "\t</DUA_CONTROL>\n";
   }
}
 

Fíjate que también he eliminado las variables $query y $query2 ya que en realidad las puedes meter como parámetro directamente y ahorrarte declarar las variables.