Otro caso, con otra funcion. Si aplico encoding utf-8 a esta lectura de directorio, me desaparece la carpeta que tiene un acento. Y si no codifico $elemento entonces el acento aparece como una cajita:
Cita: $puntos = array('.', '..');
$listado = array_diff(scandir("../"), $puntos);
foreach($listado as $elemento) {
$elemento = fixEncoding($elemento); // encoding
...
Esto no puede tener que ver con servidores UNIX porque lo estoy probando bajo windows, aviso.