NO llamar script si el navegador es internet explorer

[all-ill]

Aplicándolo sobre el CSS sólo ocultas las capas pero no deshabilitas el script.
Puedes probar con:

Código HTML:

<![if !IE]>
<script>...</script>
<![endif]>
 

<![if !IE]> Viene a decir que si no es IE que procese el código.