Suponiendo que la palabra adelante de storage esta en la misma línea, debería de ser algo así, no?
Código:
open my $hd, 'tufichero.sql';
open my $pd, 'depurado.sql';
# Leemos todo el archivo a la variable mágica de Perl, necesitas tener memoría
read $hd, $_,-s 'tufichero.sql';
# eliminamos todas las lineas que tengan este patrón
s/^[\t \w]*STORAGE\s*\(\s*INITIAL.*?1\s*\)[^\n]*\n$//msiog;
# Guardamos el contenido modificado
print $pd;
close $hd;
close $pd;