La verdad que tampoco te va a funcionar esa cosa que hiciste, entre otros, para comparar cadenas, perl no utiliza == o != sino eq y ne respectivamente, probá con esto:
Código PHP:
my $file = "fichero a abrir";
my $save = "fichero a guardar";
open(ENTRADA, "<$file") || die "$!\n";
open(SALIDA, ">$save") || die "$!\n";
while (<ENTRADA>) {
next if /^.{24}comparacion/o;
print SALIDA;
}
close(ENTRADA);
close(SALIDA);