si puedes hacer lo q dices, como el alert lo ejecutas desde un echo de php puedes concatenar la variable con el texto q vas a mostrar en el alert, y deberias de quitar las {} dentro del codigo de javascript, mas o menos ago asi
Código PHP:
Ver originalecho "<script type='text/javascript'> { alert('El Consejo Comunal[B] ".$rif." [/B]No Existe'); } </script>";