hola.
no se muy bien a que se debe, pero puedes probar con el siguiente comando en la consola:
# /etc/init.d/mysql restart
(si manda errores los posteas)
y para que te quede como dato, te paso como respaldar tus bases de datos
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/mysqldump.html Cita: mysqldump --all-databases > todas_las_bases_de_datos.sql
Desde la consola.