El problema lo tienes porque dependiendo del sistema en el que lo estés ejecutando, el jar tomará como directorio raíz uno distinto al suyo.
Échale un vistazo a esto
http://es.debugmodeon.com/articulo/o...cacion-en-java
Se puede hacer más sencillo, pero ahí está bastante bien explicado, a mí me sirvió.
O éste
http://www.forosdelweb.com/f45/como-...ta-jar-816164/