al crear un JAR que contenga tus archivos como imagenes, sonido y en este caso un archivo PDF, cuando los llamas con
File path = new File (Proyecto.class.getResource("imagenes/iconos/inria-RR-3449.pdf").toURI());
la direccion que te devuelve no es la misma que la que obtienes al ejecutar la aplicacion desde el IDE, por ejemplo, desde el IDE obtienes algo como:
c:\rpni\src\imagenes\iconos\inria-RR-3449.pdf
pero cuando ya tienes el JAR creado y lo ejecutas, la ruta de los recursos que tienes dentro el JAR cambia, por ejemplo:
c:\carpeta_donde_tienes_el_jat\
TUARCHIVOJAR.JAR!\imagenes\iconos\inria-RR-3449.pdf
esa es la razon por la cual no puedes leer el PDF