Consulta en dos tablas ( se duplican algunos datos )

[gnzsoloyo]

sera que por la cantidad puede generarse problemas??

Exactamente, porque en ese caso el mismo registro de Ingreso se lista dos o tres veces, cruzandolo con diferentes usuarios, porque los mismos tienen idéntico NIT, cosa que es irregular...
El problema base es que si un NIT es un número único por persona o empresa ese campo debería ser UNIQUE para prevenir que haya duplicaciones.
Si el mismo NIT puede pertenecer o ser utilizado por diferentes usuarios, entonces la relación con ingreso debe ser realizada a través del user_id y no del NIT.
Si quieres saber cuáles son los NIT repetidos, usa esto:

Código MySQL:

SELECT nit
FROM usuarios
GROUP BY nit
HAVING COUNT(*) >1;
 

Y si quieres saber cuáles son los usuarios:

Código MySQL:

SELECT *
FROM usuarios 
WHERE nit IN(SELECT nit
    FROM usuarios
    GROUP BY nit
    HAVING COUNT(*) >1);