Actualizar el contenido de un div cada ciertos segundos indefinidamente con jquery

[mayid]

function(){
$("#clima").load("includes/clima.php");

Pasa que estas declarando una funcion anonima, y encima quisieras repetirla cada vez (redeclararla!)

Hacé la declaración aparte o directamente no lo declares como funcion. No es necesario:

$(document).ready(function(){
setTimeout( '$("#clima").load("includes/clima.php");' , 5000);
});