Hola
 
Un código algo mas optimizado. Es case insensitive. Ahora se deberán introducir 3 caracteres antes del highlight    
Código Javascript
:
Ver original- <?php 
- $url = file_get_contents('http://www.monografias.com/trabajos5/asp/asp.shtml', true); 
- $codigo =  $url; 
- ?> 
- <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"> 
- <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"lang="es" xml:lang="es"> 
- <head> 
- <meta name="http-equiv" content="Content-type: text/html; charset=UTF-8"/> 
- <script type="text/javascript"> 
- var cadena = ''; 
- var largo_cadena = 0; 
-   
- window.onload = function() {cadena = document.getElementById('texto').innerHTML; largo_cadena = cadena.length;}; 
-   
- function Resaltar(cadABuskar) { 
- var caracteresInput = cadABuskar.length; 
-   
-     if (caracteresInput == 2) { 
-         document.getElementById('texto').innerHTML = cadena; 
-         document.getElementById('terminos').style.border = ''; 
-   
-     } else if (caracteresInput >= 3) { 
-   
- var rgEx = new RegExp(cadABuskar, 'g\i'); 
-   
-             if (cadena.substr(0,parseInt(largo_cadena)).match(rgEx)) { 
-                 var marca = cadena.substr(0,parseInt(largo_cadena)).replace(rgEx, function(coincidencia){return '<span style=\"background-color:#9ACD32;color:#FFF;\">' + coincidencia + '</span>';});  
-                     document.getElementById('texto').innerHTML =  marca; 
-             document.getElementById('terminos').style.border = 'solid #9ACD32 1px'; 
-             } else { 
-             document.getElementById('texto').innerHTML = cadena; 
-             document.getElementById('terminos').style.border = 'solid #FF0000 1px'; 
-         } 
-     } 
- } 
- </script> 
- </head> 
- <body> 
- <form method="post" action="" name="" autocomplete="off"> 
- Buscar Terminos: <input type="text" value="" id="terminos" onkeyup="Resaltar(this.value);" /> 
- </form> 
- <div id="texto"><?php echo $codigo;?></div> 
- </body> 
- </html> 
Parte de este código es gracias a 
@zerokilled, gracias por ensañarme a usar funciones en el replace 
Suerte