podrias hacer una simple programacion para subir el archivo, pero antes lo redimensionas con las funciones de GD y con estas mismas las funcionas con la marca de agua ^^.
algo asi:
Código PHP:
Ver originalfunction marcadeagua($img_original, $img_marcadeagua, $img_nueva, $calidad)
{
// obtener datos de la fotografia
$anchura_original = $info_original[0];
$altura_original = $info_original[1];
// obtener datos de la "marca de agua"
$anchura_marcadeagua = $info_marcadeagua[0];
$altura_marcadeagua = $info_marcadeagua[1];
// calcular la posición donde debe copiarse la "marca de agua" en la fotografia
$horizmargen = ($anchura_original - $anchura_marcadeagua)/2;
$vertmargen = ($altura_original - $altura_marcadeagua)/2;
// crear imagen desde el original
// crear nueva imagen desde la marca de agua
// copiar la "marca de agua" en la fotografia
ImageCopy($original, $marcadeagua, $horizmargen, $vertmargen, 0, 0, $anchura_marcadeagua, $altura_marcadeagua); // guardar la nueva imagen
// cerrar las imágenes
}
Suerte