Lo que uses en PHP el interprete de PHP es quien lo trabaja, no apache. En tu caso vas a tener que declarar la ruta como es. Te recomiendo que uses rutas absolutas para que no te ocacione dificultades en el futuro. Ejemplo
Código PHP:
Ver originalrequire_once $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/ruta/hacia/el/archivo.php';
DOCUMENT_ROOT lo que va a hacer es indicar la ruta desde el directorio principal hasta el directorio donde colocas tus archivos de PHP. Luego tienes que indicar la ruta hacia el archivo que quieras usar.