Si, bueno bajo mi punto de vista estaría bien algo tipo:
index_del_directorio_de_un_cliente.php
Código PHP:
<?
$id_cliente=1234;
// ó $cliente="pepito" .. casi mejor el "ID del usuario"
// así aprovechas la indexación de campos tipo "autonumericos" (el clásico id) ..
include("tu_actual_index.php");
// pero ahora el "$cliente" no le entrará por GET sino directo .. ya lo tienes ahi arriba en este código ..
?>
Y bueno .. al registrarse el usuario .. le puedes crear un "folder" (directorio) con las funciones mkdir() de PHP y hacer generar un index.php con las funciones de fopen() fwrite() con el $id_cliente=que le corresponda en el directorio que has creado ..
Un saludo.