Segun yo, lo que puedes hacer es en vez de colocar direcciones relativas i.e.
podrias poner direcciones absolutas:
Código:
http://dominioprincipal.com/rpeta/archivo.php
el gran problema es que el tendrias que pagar un ancho de banda mas grande para este dominio principal y quizas dejar en los dominios particulares los archivos de coneccion a la base de datos, para que cada dominio se conecte a su propia base de datos.
o no se si necesites colocar archivos de crossdomain