en el else (despues del javascript) es donde defines la variable del nombre de la imagen, solo tendrias que cambiar esto:
Código PHP:
$nom_img= $nombre_archivo;
por esto:
Código PHP:
$nom_img = $id_afiliado.$nombre_archivo;
y pues obviamente definir la variable id_afiliado como lo has puesto, al inicio del codigo, igual que con las otras variables que recogen los datos del formulario