La diferencia es que con .html() recoges todo el código (tags HTML y todo) y con el .text() te recoge solo el texto que contienen todas las etiquetas que haya dentro de lo que llamas.
Por ejemplo:
<div id="prueba">
<p>Hola</p>
</div>
Si cogemos: jQuery("#prueba").html() nos devuelve '<p>Hola</p>'
Si cogemos: jQuery("#prueba").text() nos devuelve 'Hola'
Espero haberme explicado :P