Es raro. Puede (estoy especulando) que haya algún programa que estaba leyendo algún archivo que está dentro de ese directorio y el sistema operativo no te dejó hacer el cambio. Yo hice el cambio de un directorio que tenía un sub-directorio y un archivo y pude hacer el cambio de nombre. Podrías usar una condición para detectar si hizo el cambio y si no lo hizo que trate nuevamente más tarde o que trate de ejecutarlo de nuevo.