Ni idea de cómo se maneja Ubuntu, nunca lo usé. Pero soy de la creencia de que el sistema es *mío* y si quiero instalar un programa X, no debe meterse en mi camino si no es para ayudar.
Si el programa está en los repositorios, tenés la ventaja de que alguien más se está ocupando de mantenerlo funcionando y disponible, y de que será fácil saber qué versión tenés, actualizarlo, quitarlo, etc. Pero si no está no debería ser un problema instalarlo desde una fuente externa.
No creo que hayas entendido mal, esa es la recomendación siempre. Pero ala, no hay por qué temer a un par de paquetes extra
para solucionar el tema de Apache, hay varias opciones:
Si querés tener los archivos en /var/www:
a) chmod 777 /var/www (dar permisos completos a todos los usuarios, opción "rápida y sucia")
b) chown -R tuusuario /var/www (que tu usuario sea dueño de la carpeta, con permisos completos. Puede causar problemas si el proceso de Apache corre como otro usuario, mejor la opción a) si no te preocupa que otras personas toqueteen la carpeta)
Si preferís tenerlos en una carpeta dentro de tu $HOME, digamos /home/rbz/sitio_web:
a) rm -r /var/www ; ln -s /home/rbz/sitio_web /var/www
eliminar la carpeta www, recrearla como un enlace a /home/rbz/sitio_web. A todos los efectos, serán la misma (detalles sobre enlaces simbólicos, wikipedia es tu amiga)
b) modificar la configuración de Apache para que DocumentRoot apunte a la carpeta que querés usar. Esta es mi opción preferida, ya que puedo tener varios sitios configurados de forma ligeramente diferente funcionando a la vez.
Comentá luego qué opción te gusta más
Saludos.