Problema con bucles

[_cronos2]

Hola, estoy trabajando en un script por puro entretenimiento. Este script sirve, en teoría, para que el usuario introduzca un texto, de más o menos carácteres, en un input, y de este texto se seleccionen x letras para ponerlas en mayúsculas. El problema está en que uso varios bucles para recorrer arrays y carácteres, aquí el código:

Código Javascript:

<script type="text/javascript">
function alternar(t1, t2){
 var txt = t1.value;
 var aceptados = /[A-z]/;
 var letras = new Array();
 for (a = 0; a<txt.length; a++){
  if(aceptados.test(txt.charAt(a))){
   letras[letras.length] = a;
  }
 }
 var cant = Math.round(Math.random()*letras.length);
 var aleat = new Array();
 for (b = 0; b<cant; b++){
  aleat[b] = Math.round(Math.random()*letras.length);
 }
 for(i = 0; i<cant; i++){
  for(j = 0; j<cant; j++){
   if(aleat[i]==aleat[j] && i!=j){
    if(aleat[j]<letras.length){
     aleat[j] += 1;
    }else{
     aleat[j] -= 1;
    }
   }
  }
 }
 var result = '';
 for(t = 0; t<txt.length; t++){
  if(!(aceptados.test(txt.charAt(t)))){
   result += txt.charAt(t);
  }else{
   for(l = 0; l<letras.length; l++){
    for(r = 0; r<aleat.length; r++){
     if(letras[l] == aleat[r]){
      result += txt.charAt(letras[l]).toUpperCase();
     }else{
      result += txt.charAt(letras[l]);
     }
    }
   }
  }
 }
 t2.value = result;
}
</script>
 

La cuestión es que si yo por ejempplo pongo 'abc123' (con 3 mayúsculas y posiciones 2, 2 y 3) sale 'aaabbbccCaaabbbccCaaabbbccC123'. Sé que tiene que ser por los bucles porque se repite parte del string pero lo he revisado 40 veces y todavía no logro ver dónde está el error. A ver si me podéis ayudar.
Saludos y gracias :D