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Iniciado por jaullo 
La carpeta APP_DATA es utilizada unicamente como repositorio de datos, de forma tal que puedas tener una base de datos access o sql por ejemplo en ella, no para que subas archivos. Por tanto no vas a poder.
Para poder subir los archivos la carpeta logo debería estar en la raiz del sistema.
Saludos,
Hola, gracias por tu respuesta, pero no parece venir de ahí el problema.
He cambiado la carpeta Logos a la raiz de la web y seguimos con el mismo problema.
Le he vuelto a dar todos los permisos y que no hay forma de hacerlo funcionar.
Yo no se si es cosa del fileupload porque tengo hechas otras webs que si escriben en disco y no me da ningún tipo de problema incluso dentro del APP_DATA.