No es lo mismo. El texto está lleno de saltos de línea (que javascript considera separador de instrucción) y (probablemente, no lo miré a fondo) otros caracteres que necesitan escaparse.
Te recomiendo que escapes la salida html en el mismo php, con una función como esta o semejante:
Código PHP:
function js_encode($s){
$texto='';
$lon=strlen($s);
for($i=0;$i<$lon;++$i){
$num=ord($s[$i]);
if($num<16) $texto.='\x0'.dechex($num);
else $texto.='\x'.dechex($num);
}
return $texto;
}