creo que es algo difícil decirte como organizarlos ya que cada persona es diferente, lo que si te puedo decir es como organizo mis archivos... (archivos en general no solo editables)
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*Template
**Editables
**Skin
**Containers
*Informacion
*ImagenesCompradas
*Respaldo (sitio anterior)
*ContratoyDetallesdeTrabajo
con esa estructura y procurando cada archivo tenga un nombre descriptivo de lo que es, me es suficiente para localizar los archivos cuando me son necesarios.