Tampoco hay estructura, por ejemplo si ves la especificación uno de MVC para los JSPs (en Java), su modelo MVC, es en el mismo JSP, lo que hace complicado el mantenimiento, pero Spring lo hace en diferentes archivos, y también es MVC.
Es por eso que mucho más de lo que te puedan poner en código (y que ya hay muchos como te comentaron, frameworks, tutoriales, etc.) si no entiendes los conceptos básicos de entrada de lo que es la capa del Modelo (que no, no es el acceso a la base de datos), la capa del Controlador y la capa de la Vista, por más código que veas te vas a confundir.
Si quieres ver código como tal, puedes ver el
Quickstart de Zend Framework, que para mi trae una implementación muy clara de MVC, separando correctamente cada capa, aunque no significa que sea la forma correcta, ya que hay muchas formas de hacerlo.
También en mi blog (que ya es más que nada una referencia) puedes ver otro ejemplo de MVC, que tampoco es la correcta, es otra forma de hacer las cosas.
Te repito MVC son conceptos abstractos, es un patrón de diseño y se puede implementar de muchas formas, por eso por más que veas si no los entiendes de fondo, te vas a confundir mucho más.
Saludos.