El punto donde te estás mezclando es cuando intentas usar GlassFish para hacer el pool de conexiones. GlassFish es un servidor de aplicaciones Java EE, para hacer aplicaciones web, vamos. Así que es normal que los ejemplos que encuentres sólo hablen de usar el pool desde aplicaciones web. Esa parte, mejor descartarla.
Donde si que no vas errado es que usar un pool de conexiones lo puedes hacer tanto desde aplicaciones de escritorio como aplicaciones web, pero lo que has de buscar es la simple librería que te haga de pool de conexiones, sin tener que cargar con el servidor de aplicaciones.
Así pues, lo aconsejable es buscar librerías de pools de conexiones y simplemente crear una instancia siguiendo las instrucciones. Los servidores de aplicaciones dan otras instrucciones por que los pools los crean ellos y luego se los pasan a las aplicaciones. Tu lo crearás directamente.
Una par de librerías de ese tipo bastante usadas son Proxool y/o C3Po, aunque hay bastantes más. Puedes encontrar una lista aquí:
http://java-source.net/open-source/connection-pools
Busca alguna que tenga versiones recientes, que el manual te sea claro y a por ello.
Ojo al configurar los máximos de cada pool puesto que tu BDD tiene que ser capaz de soportar que todos los clientes puedan usar el máximo simultaneamente.
Otras opciones de control, como un servidor centralizado, permiten optimizar mejor el uso de las conexiones y controlar mejor cuantas se usan, pero requieren una arquitectura de 3 capas, más compleja.
S!