La etiqueta H1 es un encabezado, van del H1 hasta el H6, de letra más grande a más pequeña (siempre podrás utilizar el CSS para que ocurra a tu gusto).
Enlazando el H1 con el SEO, es muy importante.
Sólo puedes poner un H1 por archivo .html, y puedes ponerlo tanto en el index como en las otras páginas y secciones, pero lo dicho, lo recomendable es poner sólo una etiqueta de H1.
El H1 se suele utilizar, o al menos yo así lo hago, para poner el título de la página, es decir, si tu página web es de aviones, el H1 en todas las páginas será "Aviones", mientras que el H2, si es que quieres también implementarlo, será el título de esa sección, es decir, una especie de subtítulo, que podría ser "Aviones de combate", "Aviones de helice", "Aviones de pasajeros", "Aviones caza", etc. De H2 puedes utilizar creo que hasta dos veces, aunque yo sólo lo pongo una vez por página.
Ejemplos de utilización de H1:
<h1>Aviones</h1>
Y también puedes utilizar el H1 con un enlace, así ayudará más si cabe al SEO:
<h1><a href="#" title="Aviones">Aviones</a></h1>