Si muchas gracias, finalmente ya lo resolvi. Lo que hice fue pasar esos valores a un formulario y despues mandar los datos de ese formulario por post a la base de datos.
inclui este archivo : include_once('array.php');
Código:
<form name="array" action="conexion.php" method="post">
<input name="NoCotizacion" id="NoCotizacion" type="text" value="<?php echo $NoCotizacion;?>" />
<input name="cantidad1" id="cantidad1" type="text" value="<?php echo $QTY[0];?>" />
<input name="send" type="submit" id="send" value="Guardar Array" class="boton"/>
</form>
y es asi como me los guarda correctamente.
Muchas gracias!.