Pues tu ya lo haz logrado.. ;) te sugeriria prefijes un string de manera que al utilizar jquery te sea mas fácil de seleccionarlos.
Código PHP:
for ($i = 0; $i <= 2; $i++) {
echo "<div class=\"nombre\" id=\"numero".$i."\"><p>HOLA".$i."</p></div>";
}
luego con js le asignas un evento buscando a los divs que EMPIECEN con la palabra "numero", ej numero0, numero1, numero2, etc...
Código PHP:
$(document).ready(function(){
$("div[id^='numero']").bind('click', function(){
alert(this.id);
});
});