Pues nada, al final convertí la cadena en array y listo. No sabía que en IE  no se podían hacer estas cosas, tendré que convertir varias páginas mías xD
 
Por lo pronto pongo el código por si a alguien le hace falta.   
Código Javascript
:
Ver original- var cadenan = "Quiero separar esto por letras"; 
- var cadena=new Array(); 
-   
-         for(k=0; k<cadenan.length; k++) { 
-             cadena[k]=cadenan.substring(k, k+1); 
-         } 
-      
-     var caden=" "; 
-          
-         for(letra=0, tiempo=50; letra<cadena.length; letra++, tiempo+=50) { 
-      
-             caden+=cadena[letra]; 
-      
-             setTimeout("insertarEnCapa('"+caden+"', '"+capa+"')", tiempo); 
-      
-         }