Hola.
Seguramente lo que esta pasando es que tus variables de sesion apuntan al mismo indice
Por ejemplo:
$_SESSION['login']
y la otra es que desde tu servidor local entras de la siguiente manera:
http://localhost/sitio1 http://localhost/sitio2
con lo que hambos sitios estan en el mismo servidor y bajo el mismo dominio.
por lo que las posibles soluciones nos llevan a:
1) cambiar el indice la las sesiones.
2) colocar tus sitios en dominios diferentes (esto puede ser mediante host virtuales)
suerte.