Amigos, el día de ayer por fin GRACIAS A DIOS!! tuve éxito con el sello digital!!!! 
 
 
En mi caso, estaba usando estos comandos para generar el sello: 
shell_exec('"C:\Archivos de programa\GnuWin32\bin\openssl.exe" dgst -out C:\wamp\www\facturacion\Firma.binario -sign C:\wamp\www\facturacion\cadc810918a67_1008101753s.  key.pem C:\wamp\www\facturacion\md5.txt'); 
shell_exec('"C:\Archivos de programa\GnuWin32\bin\openssl.exe" enc -in C:\wamp\www\facturacion\Firma.binario -a -A -out C:\wamp\www\facturacion\sello.txt'); 
Pero luego apliqué estos comandos: 
shell_exec('"C:\Archivos de programa\GnuWin32\bin\openssl.exe" dgst -md5 -sign  C:\wamp\www\facturacion\cadc810918a67_1008101753s.  key.pem -out C:\wamp\www\facturacion\sello_paso1.txt c:\wamp\www\facturacion\cadena_orig.txt') 
shell_exec('"C:\Archivos de programa\GnuWin32\bin\openssl.exe" enc -base64 -in C:\wamp\www\facturacion\sello_paso1.txt  -out c:\wamp\www\facturacion\sello.txt') 
y wow!, el sello funcionó!!! 
(cadena_orig.txt es la cadena original con formato utf8) 
Y para los que desean meterle también el certificado (que es opcional) al CFD, pueden hacerlo con esto: 
openssl enc -base64 -in aaa010101aaa_CSD_06.cer -out certificado.txt