bueno primero deves
abrir el archivo
luego leerlo linea a linea colocando todo en un array que te da los numeros de linea:
Código PHP:
$F=fopen('tuarchivo.php','r');
while (!feof($F)) {
$arreglo[]=fgets($F,4096);
}
fclose($F);
despues agregar o quitar lo que quieras ("usa la logica"):
borras el archivo
y escrives de nuevo el archivo
Código PHP:
$escibe = fopen($nombre_archivo,'a');
fwrite($escibe,$todas_lineas);
fclose($escibe);
y listo.