Pues si parece un posible problema de mother, pero en estos casos lo mejor es descartar, yo creo que como lo que hiciste fue mover los discos, debes verificar que los jumpers de configuración de los discos estén ubicados correctamente, el que deseas que contenga el sistema operativo debe ser el maestro y el otro esclavo, esto asumiendo que tienes dos discos IDE por lo viejita de la pc.
Además deberías reformatear nuevamente los discos y si te sigue dando problema pásales alguna utilidad de chequeo.
Revisa también que los conectores estén bien firmes.
Un concejo adicional, no escribas todo en un solo párrafo de tantas líneas, así sería más legible
Saludos
