De nuevo... Continúo atascado.
He probado a volver a llamar a las funciones javascript una vez hecho el innerHTML (método DOM) pero éstas siguen sin contemplar los ID de mis elementos. Asi que presupongo que el problema radica definitivamente en que javascript no puede interpretar la cadena de texto devuelta por ajax.
¿Alguien tiene una solución? Entiendo que debe de ser un problema bastante común.