Códigos, códigos y más códigos. Todos los implicados.
O mejor todavía: un enlace a la página del problema.
Y versión del navegador, especialmente si nombras a ie. Son muchas las diferencias entre el 6, 7 y 8.
De todas formas, había por hay alguna versión de ie que tomaba el alto como alto mínimo /min-height/. Creo recordar (hace eones de ello) que se corregía definiendo un /max-height/ Pero quizás recuerde mal.
Atentamente
P.D.: me ha dejado intrigado con la mención:
Cita: varios divs flotantes en su interior (todos ellos superpuestos con propiedades z-index)
Supongo que habrá por algún lado algún /positión:xxx/