Cita: cuando envio un UPDATE a un usuario repetido no se como hacer para que se
aplique 2 veces. EJ:
Si el usuario aparece más de una vez, simplemente el UPDATE se aplicará en cada aparición.
Cita: Como pueden ver pepito esta 2 veces, es decir que se le deben sumar 2 alerts
pero solo se le suma 1
Estas razonando mal el problema. Si en la lista del IN un valor se repite es irrelevante, porque la ejecución no es iterativa. El IN devolverá TRUE ante la primera aparición y no buscará más en la lista. Y aunque lo hiciese, la en sí operación no es iterativa como la está planteando, sólo se ejecuta una sola vez por valor y registro, porque la comparación se hace contra un campo de un registro, y ese campo en cada registro sólo puede contener un único valor por instancia.
Existen algunas alternativas para hacer lo que pides, pero para darte una respuesta concreta sería mejor que expliques bien el problema:
¿Qué es exactamente lo que quieres lograr?
Sabemos que en la tabla tienes usuarios repetidos N veces, por lo que lo que deseas es... ¿hacer una numeración incremental de cada aparición de cada usuario?
¿Eso sería?