Inicios con htaccess y grandes dudas

[Agrey]

Hola,
Estoy comenzando a utlizar el htaccess para conseguir url amigables y me estoy encontrando con dudas que no consigo resolver.

El archivo que tengo es el siguiente.

1-Options +FollowSymlinks
2-RewriteEngine on
3-RewriteCond %{HTTP_HOST} ^dominio.com
4-RewriteRule ^ http://www.dominio.com%{REQUEST_URI} [L,R=301]
5-RewriteRule ^(.*)/(.*)/$ $1.php?VarUno=$2
6-RewriteRule ^(.*)/(.*)/(.*)/$ $1.php?VarUno=$2&VarDos=$3
7-RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
8-RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
9-RewriteRule ^([^\/]+) /$1.php [L]

Este código funciona correctamente pero si la linea 6 la pongo antes que la linea 5 entonces ya las url con dos parámetros dejan de funcionar. ¿El orden de las reglas tiene importancia?¿Cual es la estructura correcta?¿En mi código hay algo que está mal?

Gracias por vuestras respuestas