Generalmente siempre me parece mala idea usar rutas relativas. ¿No podrías usar direcciones completas para $images y $thumbnails? En un momento dado podrías hacer algo así:
Código PHP:
$images = BASE_WEB . "portfolio/" . $imagefolder;
$thumbnails = BASE_WEB . "portfolio/" . $thumbfolder;
Y definir la constante BASE_WEB en algún archivo de configuración o similar