Cita: Esto es asi porque estoy elaborando un sistema mediante el cual se puede enviar la pagina entera via mail.
opino que deberias explicar esta parte. ¿como haces para enviar el documento por correo? dudo que desde javascript porque javascript no tiene tales capacidades, sera desde un lenguaje servidor. por otro lado, cualquier cambio que tu le hagas desde javascript al documento cargado en el navegador solo tendra efecto en el lado cliente. lo que significa que cualquier alteracion no sera reflejado en el servidor. dependiendo como sea el sistema, y asumiendo que sea asi, el sistema envia una copia del contenido de tu servidor. entonces, desde un lenguaje servidor tendras que tratar el aspecto de las rutas relativas/absolutas.