Hola,
Debes ponerlo al revez, la solución a la que llegaste no debe funcionar tampoco. Porque primero recupero el valor de $contenido y luego lo evalúo:
Código PHP:
$contenido = $_GET["contenido"];
if (!isset($contenido))
$contenido="inicio";
El error no es un error, sino un aviso de que $contenido no existe si no está en el link. Estas notificaciones pueden ser ignoradas, pero algunos servidores las muestran igual. Puedes ocultarlas agregando esto al principio del código:
Código PHP:
error_reporting(E_ALL ^ E_NOTICE);
Saludos!