Usa la función rtrim();
Esta tambien elimina los tabuladores y los saltos de linea ;)
http://php.net/manual/es/function.rtrim.php
Aunque ahora que leo bien trim lo hace en la izquierda y la derecha, debería de funcionar con trim(), se me ocurre que le hayas aplicado un nl2br a la cadena a la hora de guardar y te esta imprimiendo <br />