el fadeOut() tiene un segundo parametro que es el callback, que se ejecuta cuando la función termina su ejecución. Entonces deberías hacer esto.
Código Javascript
:
Ver originalcontent.fadeOut('fast', function(){
content.load("modules/home.php", function(){ content.fadeIn();
});
});
Entonces así ejecutas el fadeOut(), cuando termina el fadeOut() se ejecuta el load() y cuando termina el load() se ejecuta el fadeIn().