php se ejecuta en el servidor, y como tal ya termina de ejecutarse cuando el contenido devuelto es reflejado en el navegador, lo que puedes hacer es mover el archivo colocándole un prefijo (
copia_archivo.php) en el caso de que exista, de modo que puedas almacenarlo temporalmente e imprimas a la salida del script un pequeño form en donde realices la pregunta, diriges su action hacia otro script en php que renombre el archivo en el caso de que desee sobrescribir o borrarlo en caso contrario, es decir, hacer otro
post para eso, en este caso solo enviando la respuesta del usuario
