Hola
upload_max_filesize es una variable del php.ini, lo que indica lo máximo que se puede enviar a un servidor mediante un script php.
Si son datos muy pesados, puedes trabajarlo via shell (intefaz de comandos) aquí tienes mas info
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...-recovery.html.
Otra opción es usar ud IDE como Heidi, mysqlfront, entre otros que te permita conectarte al servidor y desde ahí realizas los backups
Saludos