Alert y Pantalla

[malendrado]

Estimados:

Lo que me pasa es lo siguiente:

tengo una pagina la cual se refresca mediante los procesos que realizo en ella, pero al momento de desplegar un alert() en pantalla, me deja la pantalla en blanco con el mensaje javascript, ya sea confirmacion o solo de aviso, como puedo hacer para que la pagina se termine de cargar mostrando todos sus datos y luego me visualize el mensaje para poner aceptar o cancelar.

Estimados espero sus respuestas.