Hola.
lo que esta pasando es que en tu ciclo estas sobreescribiendo tu variable, con lo que al final solo quedas con el ultimo registro o consulta.
Código PHP:
Ver originalfor ($i=1; i<=num_preguntas; i++)
{
for ($j=1; j<=num_respuestas; j++)
{
$pregunta=@mysql_query("select count(distinct idcuenta ) from evaluaciones where respuesta ='$j' and idrfc='$RP' and idasig='$RM' and no_preg='$i'"); }
}
Prueba cambiandolo un poco
Código PHP:
Ver originalfor ($i=1; i<=num_preguntas; i++)
{
for ($j=1; j<=num_respuestas; j++)
{
$pregunta=@mysql_query("select count(distinct idcuenta ) from evaluaciones where respuesta ='$j' and idrfc='$RP' and idasig='$RM' and no_preg='$i'"); }
}
Suerte.