NO puedes ejecutar javascript directamente al actualizar contenido, pero hay algunos trucos que podrian servirte. 
Lo que yo estoy probando es separar salida de codigo JS a ejecutar con eval(), mas o menos asi:    
Código HTML:
Ver original<p>Esto es la salida normal para llenar el div
</p> <!-- JS adicional -->
alert('Esto se ejecuta despues de actualizar el div.');
  
Luego, en tu javascript
:   
Código Javascript
:
Ver originalfunction stateChanged(proceso, caja)
{
   if (xmlHttp.readyState==4 || xmlHttp.readyState=="complete")
   {
    // Separamos el contenido del codigo js
    // Si no existe el texto de separacion, solo se creara separa[0], o sea, el contenido
    separa = proceso.splpit('<!-- JS adicional -->');
    // actualizamos la capa:
    document.getElementById(caja).innerHTML=separa[0];
    // Si hay codigo JS, ejecutarlo:
    if(separa[1])
        eval(separa[1]); // voila!!!
   }
   else {
     //alert(xmlHttp.status);
   }
}
  
Solo habria que considerar los problemas de seguridad que esto pudiera provocar.